Dejiny školy siahajú až do roku 1927, kedy vznikla budova na ulici Sereďská. Do 31. augusta 1945 táto budova slúžila pre účely Rímsko – katolíckej ľudovej školy v Berekseku, pre ktorú ju aj miestna cirkevná obec dala postaviť. V školskom roku 1935/1936 bola slávnostne otvorená nová budova školy na Školskej ulici.

K reorganizácii dochádza v roku 1945. Keďže vyššie ročníky, 6. – 8. ročník  ľudových škôl, ani zďaleka neplnia cieľ vyššieho vzdelania, zakladajú sa vo väčších obciach meštianske školy s obvodom najviac do 5 km. Do školského obvodu  - 5 km spadajú tieto obce: Bereksek - dnešné Šulekovo, osada Terezov – dvor, Horné Zelenice, Dolné Zelenice.

K ďalšej zmene dochádza 1. septembra 1949, kedy sa meštianska škola mení na Strednú školu v Šulekove.

Ďalšie historické údaje, ktoré sa dotýkajú modernizácie školských budov:

• Školský rok 1967/1968 – dobudované a odovzdané školské dielne  na Sereďskej ulici
• Školský rok 1969/1970 – dokončená prístavba k budove na Školskej ulici
• Dňa 10. 02. 1975 – slávnostný výkop telocvične. Odovzdaná do užívania v decembri 1975

Významný pre školu bol školský rok 1953/1954, kedy Národná škola v Šulekove a Stredná škola v Šulekove boli zrušené a zriadila sa Osemročná stredná škola v Šulekove.

V školskom roku 1960/1961 bola školská dochádzka predĺžená o 1 rok a škola premenovaná na Základnú deväťročnú školu v Šulekove. Navštevovalo ju v tom roku 587 žiakov, pôsobilo v nej 22 učiteľov. Triedy sa napĺňajú až do počtu 42 žiakov.

V školskom roku 1981/1982 – povinná školská dochádzka 10 – ročná, základné školy iba 8 – ročné. Znovu zmena názvu školy na Základná škola v Šulekove. V uvedenom školskom roku ju navštevovalo 361 žiakov, ktorí boli rozdelení do 15 tried.

K významnej zmene v organizácií školstva dochádza v roku 1997/1998

• 1. januára 1998 získala škola právnu subjektivitu v riadení i v hospodárení s finančnými prostriedkami
• 1. septembra 1998 na požiadanie bol škole pridelený čestný názov: Základná škola Vilka Šuleka. Stalo sa tak pri 150. výročí popravy Vilka Šuleka a Karola Holubyho v chotári obce 26. októbra 1848. Na ich večnú pamiatku stojí na tom mieste pomník podľa návrhu Dušana Jurkoviča. Žiaci so svojimi učiteľmi ho pravidelne navštevujú na deň výročia ich popravy, o úpravu tohto pietneho miesta sa však striedavo starajú po celý rok
• 1999/2000 – zriadenie špeciálnej triedy v ZŠ na I. stupni s mentálnym postihnutím
• 2000/2001 – zriadenie špeciálnej triedy v ZŠ na II. stupni s mentálnym postihnutím